SNPhylo安装步骤

最近在安装SNPhylo软件的过程中，本人踩了好多坑，最终经过不断查阅资料和实践，终于将SNPhylo软件安装好了。现在整理步骤如下：

1.创建安装环境

Python 2.7   R4.0.2 

注意：Snphylo的python环境需要2.7，因为其脚本语言一部分是用python2写的，如果是python3，其在运行会报错，R需要版本为4.0以后，因为随着R版本的更新，R包也会更新（本人在这一部分吃到很多亏）

2.利用conda安装R4.0版本

因为conda目前安装r-base最新版本是3.6.2，我在这一步安装其他R依赖包会出现 had non-zero exit status 错误，经过查阅资料，发现这个问题的解决方法是要安装R4.0以后的版本，coda安装4.0版本的方法：

conda create --name r4-base

conda activate r4-base

conda install -c conda-forge r-base

conda activate r4-base

此时输入R，则可以看到此时R版本为最新版本

安装最新版本R

3.安装SNPhylo脚本所依赖的R包

注意（最新版本安装这些R包不是用以前的安装方式:install.packages(" ")，而是用一个工具BiocManager，该软件安装说明网址：https://bioconductor.org/install/

安装代码

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install()

BiocManager::install(c("getopt", "gdsfmt","SNPRelate","ape","phangorn"))#安装SNPhylo软件依赖的R包

安装完毕之后，进入该软件目录，执行bash命令，该软件会进入安装向导，如果软件环境全部装好，按确认即可

sh setup.sh

或者自己在snphylo.cfg 文件填写自己安装软件的路径

安装向导完成后生成的配置文件

4.运行其示例文件即可得到结果

运行过程1

运行过程2

从运行结果

结果文件

以上就是安装SNPhylo软件的基本过程，为了防止遗忘，故整理资料记录下安装过程，以供大家参考。